Senjata baru untuk diagnosis tuberkulosis dan deteksi resistensi obat: sekuensing target generasi baru (TNG) dikombinasikan dengan pembelajaran mesin untuk diagnosis hipersensitivitas tuberkulosis
Laporan Sastra: CCA: Model diagnostik berdasarkan TNG dan pembelajaran mesin, yang cocok untuk orang dengan tuberkulosis bakteri yang lebih sedikit dan meningitis tuberkulosis.
Judul tesis: pengurutan generasi berikutnya yang ditargetkan tuberkulul dan pembelajaran mesin: strategi diagnostik yang sangat sensitif untuk tubular paru yang paicifik dan meningitis tubular.
Berkala: 《Clinica Chimica Acta》
Jika ： 6.5
Tanggal publikasi: Januari 2024
Dikombinasikan dengan University of Chinese Academy of Sciences dan Beijing Chest Hospital dari Capital Medical University, makro & mikro-tes mendirikan model diagnosis tuberkulosis berdasarkan generasi baru dari teknologi target sequencing (TNGS) dan metode pembelajaran mesin, yang menyediakan ultra-tinggi Sensitivitas Deteksi untuk TBC dengan sedikit bakteri dan meningitis TB, memberikan metode diagnosis hipersensitivitas baru untuk diagnosis klinis dua jenis TBC, dan membantu diagnosis yang akurat, deteksi resistensi obat dan pengobatan TBC. Pada saat yang sama, ditemukan bahwa cfDNA plasma pasien dapat digunakan sebagai jenis sampel yang sesuai untuk pengambilan sampel klinis dalam diagnosis TBM.
In this study, 227 plasma samples and cerebrospinal fluid samples were used to establish two clinical cohorts, in which the laboratory diagnostic cohort samples were used to establish the machine learning model of tuberculosis diagnosis, and the clinical diagnostic cohort samples were used to verify the established Model Diagnostik. Semua sampel pertama kali ditargetkan oleh kumpulan probe penangkapan yang dirancang khusus untuk Mycobacterium tuberculosis. Kemudian, berdasarkan data sekuensing TB-TNGS, model pohon keputusan digunakan untuk melakukan validasi silang 5 kali lipat pada pelatihan dan set validasi antrian diagnostik laboratorium, dan ambang diagnostik sampel plasma dan sampel cairan serebrospinal diperoleh. Ambang yang diperoleh dibawa ke dalam dua set tes antrian diagnosis klinis untuk deteksi, dan kinerja diagnostik pelajar dievaluasi oleh kurva ROC. Akhirnya, model diagnosis tuberkulosis diperoleh.
Gbr. 1 Diagram skematik desain penelitian
Hasil: Menurut ambang spesifik sampel DNA CSF (AUC = 0,974) dan sampel cfDNA plasma (AUC = 0,908) yang ditentukan dalam penelitian ini, di antara 227 sampel, sensitivitas sampel CSF adalah 97,01%, spesifisitasnya adalah 95,65%, dan dan Sensitivitas dan spesifisitas sampel plasma adalah 82,61% dan 86,36%. Dalam analisis 44 sampel berpasangan dari plasma cfDNA dan DNA cairan serebrospinal dari pasien TBM, strategi diagnostik penelitian ini memiliki konsistensi tinggi 90,91% (40/44) dalam CFDNA plasma dan DNA fluida serebrospinal, dan sensitivitas 95,45% (42/44). Pada anak -anak dengan tuberkulosis paru, strategi diagnostik penelitian ini lebih sensitif terhadap sampel plasma daripada hasil deteksi Xpert dari sampel jus lambung dari pasien yang sama (28,57% vs 15,38%).
Gbr. 2 Analisis Kinerja model diagnosis tuberkulosis untuk sampel populasi
Gbr. 3 Hasil Diagnostik dari Sampel Berpasangan
Kesimpulan: Metode diagnostik hipersensitif untuk tuberkulosis ditetapkan dalam penelitian ini, yang dapat menyediakan alat diagnostik dengan sensitivitas deteksi tertinggi untuk pasien klinis dengan tuberkulosis oligobacillary (kultur negatif). Deteksi tuberkulosis hipersensitif berdasarkan plasma cfDNA mungkin merupakan jenis sampel yang cocok untuk diagnosis tuberkulosis aktif dan meningitis tuberkulosis (sampel plasma lebih mudah dikumpulkan daripada cairan serebrospinal untuk pasien yang diduga dari tuberkulosis otak).
Tautan Asli: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3dihub
Pengenalan Singkat Produk Deteksi Seri Tuberkulosis Makro & Mikro
Mengingat situasi sampel yang rumit dari pasien tuberkulosis dan berbagai kebutuhan, makro & mikro-tes menyediakan satu set lengkap solusi NGS untuk ekstraksi pencairan dari sampel dahak, konstruksi dan pengurutan perpustakaan Qualcomm, dan analisis data. Produk ini mencakup diagnosis cepat pasien tuberkulosis, deteksi resistensi obat tuberkulosis, pengetikan mycobacterium tuberculosis dan NTM, diagnosis hipersensitivitas tuberkulosis bakteri-negatif dan orang tuberkulosis, dll.
Kit deteksi serial untuk tuberkulosis dan mycobacteria:
| Item no | nama Produk | konten pengujian produk | jenis sampel | model yang berlaku |
| HWTS-3012 | Agen Rilis Sampel | Digunakan dalam perawatan pencairan sampel dahak, telah memperoleh nomor catatan kelas satu, peralatan mesin Sutong 20230047. | dahak | |
| HWTS-NGS-P00021 | Kit Deteksi Kuantitas Qualcomm untuk Tuberkulosis Hipersensitif (Metode Penangkapan Probe) | Deteksi hipersensitivitas non-invasif (biopsi cair) untuk tuberkulosis paru bakteri-negatif dan nodul otak; The samples of people suspected to be infected with tuberculosis or non-tuberculosis mycobacteria were analyzed by high-depth sequencing metagenomics, and the detection information of whether tuberculosis or non-tuberculosis mycobacteria were infected and the main first-line drug resistance information of mycobacterium tuberculosis disediakan. | Darah perifer, cairan lavage alveolar, hydrothorax dan asites, sampel tusukan fokus, cairan serebrospinal. | Generasi kedua |
| HWTS-NGS-T001 | Kit Deteksi Pengetikan Mycobacterium dan Resistensi Obat (metode sekuensing amplifikasi multipleks) | Tes pengetikan Mycobacterium, termasuk MTBC dan 187 NTM；Deteksi resistensi obat Mycobacterium tuberculosis mencakup 13 obat dan 16 situs mutasi inti gen resistensi obat. | Sputum, cairan lavage alveolar, hydrothorax dan asites, sampel tusukan fokus, cairan serebrospinal. | Platform ganda generasi kedua/ketiga |
Sorotan: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium Typing dan Obat Resistance Detection Kit (Metode Amplifikasi Multiplex)
PENDAHULUAN PRODUK
Produk ini didasarkan pada obat lini pertama dan kedua utama yang dijelaskan dalam pedoman pengobatan TB WHO, makrolida dan aminoglikosida yang biasa digunakan dalam pedoman pengobatan NTM, dan situs resistensi obat mencakup semua satu kelompok lokasi yang berhubungan dengan resistensi obat di dalam Who Mycobacterium tuberculosis mutasi kompleks katalog, serta gen resistensi obat lainnya yang dilaporkan dan situs mutasi sesuai dengan investigasi dan statistik skor tinggi Literatur di dalam dan luar negeri.
Identifikasi pengetikan didasarkan pada strain NTM yang dirangkum dalam pedoman NTM yang diterbitkan oleh Journal Tuberkulosis dan Penyakit Pernafasan China dan konsensus para ahli. Primer pengetik yang dirancang dapat memperkuat, mengurutkan, dan menganotasi lebih dari 190 spesies NTM.
Melalui teknologi amplifikasi PCR multipleks yang ditargetkan, gen genotipe dan gen mikobakterium yang resistan obat diamplifikasi oleh PCR multipleks, dan kombinasi amplikon gen target yang akan dideteksi diperoleh. Produk yang diamplifikasi dapat dibangun menjadi perpustakaan sekuensing throughput tinggi generasi kedua atau generasi ketiga, dan semua platform sekuensing generasi kedua dan generasi ketiga dapat dikenakan pengurutan mendalam untuk mendapatkan informasi urutan gen target. Dengan membandingkan dengan mutasi yang diketahui yang terkandung dalam database referensi bawaan (termasuk katalog mutasi kompleks Mycobacterium Tuberculosis WHO dan hubungannya dengan resistensi obat), mutasi yang terkait dengan resistensi obat atau kerentanan obat anti-tuberkulosis ditentukan. Dikombinasikan dengan solusi pengolahan sampel sputum mandiri dari makro & mikro-tes, masalah efisiensi amplifikasi asam nukleat rendah dari sampel sputum klinis (sepuluh kali lebih tinggi dari metode tradisional) diselesaikan, sehingga deteksi pengurutan resistensi obat dapat menjadi Langsung diterapkan pada sampel dahak klinis.
Kisaran Deteksi Produk
34gen terkait resistensi obat18obat anti-tuberkulosis dan6Obat NTM terdeteksi, menutupi297situs resistensi obat; Sepuluh jenis mycobacterium tuberculosis dan lebih dari190Jenis NTM terdeteksi.
Tabel 1: Informasi 18+6 Obat+190+NTM
Keuntungan Produk
Kemampuan beradaptasi klinis yang kuat: Sampel dahak dapat secara langsung terdeteksi dengan agen likufaksi diri tanpa kultur.
Operasi eksperimental sederhana: putaran pertama operasi amplifikasi sederhana, dan konstruksi perpustakaan selesai dalam 3 jam, yang meningkatkan efisiensi kerja.
Pengetikan dan resistensi obat yang komprehensif: Meliputi situs pengetikan dan resistensi obat MTB dan NTM, yang merupakan poin utama masalah klinis, pengetikan yang akurat dan deteksi resistensi obat, mendukung perangkat lunak analisis independen, dan menghasilkan laporan analisis dengan satu klik.
Kompatibilitas: Kompatibilitas produk, beradaptasi dengan platform ILM dan MGI/ONT utama.
Spesifikasi produk
| Kode Produk | nama Produk | Platform Deteksi | spesifikasi |
| HWTS-NGS-T001 | Kit Deteksi Pengetikan Mycobacterium dan Resistensi Obat (metode amplifikasi multipleks) | Ont 、 Illumina 、 MGI 、 Salus Pro | 16/96rxn |
Waktu posting: Jan-23-2024