Sebuah studi terbaru yang diterbitkan diMikrobiomaPenelitian ini melakukan analisis metagenomik virus pada 846 mamalia kecil liar—termasuk kelelawar, hewan pengerat, dan tikus kesturi—yang dikumpulkan di Sierra Leone, Afrika Barat. Studi ini mengidentifikasi total 39 virus RNA yang terkait dengan mamalia, terdiri dari 26 virus baru dan 13 virus yang telah dikenal sebelumnya. Di antara virus-virus tersebut, famili Paramyxoviridae menunjukkan keanekaragaman tertinggi, sementara hewan pengerat memiliki jumlah spesies virus terbanyak (n = 26).
Penilaian risiko zoonosis mengungkapkan tiga virus zoonosis yang sudah dikenal—virus ensefalomiokarditis, virus Lassa, dan Rocahepevirus sp.—serta tiga virus dengan potensi risiko penularan silang: virus Melian, virus hepatitis tikus, dan Hunnivirus A. Yang menarik, di antara virus-virus yang baru diidentifikasi, Bat ledantevirus 2 menunjukkan hubungan filogenetik terdekat dengan virus Le Dantec yang menginfeksi manusia. Analisis serologis lebih lanjut mendeteksi antibodi penetralisir terhadap virus ini pada 2,8% penduduk setempat, menunjukkan adanya paparan manusia sebelumnya yang kemungkinan tidak terdeteksi.
Temuan ini menyoroti keberadaan reservoir virus yang didominasi hewan pengerat dalam jumlah besar di Afrika Barat dan menggarisbawahi pentingnya strategi pengawasan terpadu pada antarmuka manusia-hewan. Menggabungkan skrining metagenomik dengan validasi serologis memberikan kerangka kerja yang kuat untuk mengidentifikasi virus dengan potensi zoonosis dan penularan antar spesies.
Selama dekade terakhir, lebih dari 60% penyakit menular baru pada manusia berasal dari reservoir hewan, dengan kelelawar, hewan pengerat, dan tikus tanah diakui sebagai inang utama virus zoonosis. Afrika secara luas dianggap sebagai pusat penyebaran penyakit zoonosis. Misalnya, Sierra Leone melaporkan lebih dari 28.000 kasus selama wabah Ebola 2014–2016.
Meskipun beban penyakit zoonosis di wilayah ini signifikan, keragaman dan distribusi virus pada mamalia kecil liar masih belum cukup dipahami. Untuk mengatasi kesenjangan ini, para peneliti melakukan analisis virome sistematis terhadap 846 mamalia kecil liar yang ditangkap di tiga lokasi di Sierra Leone antara tahun 2018 dan 2023. Studi ini bertujuan untuk mengkarakterisasi keragaman virus, mengidentifikasi kandidat dengan potensi penularan antar spesies, menilai risiko zoonosis, dan menghasilkan bukti untuk mendukung sistem peringatan dini terhadap penyakit menular yang muncul.
Metode Inti
Studi ini menerapkan alur kerja metagenomik virus yang komprehensif:
- Pengolahan sampel:Jaringan jantung, hati, limpa, paru-paru, dan ginjal dikumpulkan, digabungkan, dihomogenkan, dan diekstraksi total RNA-nya.
- Pengurutan dan perakitan:Penghapusan RNA ribosom dilakukan sebelum pembuatan pustaka, diikuti dengan pengurutan berkecepatan tinggi menggunakan platform Illumina NovaSeq 6000. Kontig virus dirakit secara de novo.
- Identifikasi virus:Virus diidentifikasi berdasarkan penyelarasan gen RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). Hanya virus yang terkait dengan vertebrata yang dipertahankan, tidak termasuk virus bakteri, jamur, dan tumbuhan.
- Analisis bioinformatika:Rekonstruksi filogenetik, analisis rekombinasi, pemodelan jaringan transmisi antar spesies, dan penilaian risiko zoonosis telah dilakukan.
- Validasi serologis:Suatu uji netralisasi pseudovirus berbasis VSV dikembangkan untuk Bat ledantevirus 2. Antibodi penetral terdeteksi pada 2,8% serum manusia, memberikan bukti potensi penularan zoonosis.
BelajarHasil
1. Penemuan dan Keanekaragaman Viral
Studi ini melakukan analisis sekuensing transkriptomik pada 846 hewan liar yang dikumpulkan di Sierra Leone, termasuk hewan pengerat, kelelawar, dan tikus kesturi. Berdasarkan sekuens gen RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) lengkap, total 39 virus RNA yang terkait dengan mamalia diidentifikasi, terdiri dari 13 virus yang sebelumnya telah dikenal dan 26 virus baru.
Dari segi komposisi virus, famili Paramyxoviridae menunjukkan tingkat keanekaragaman tertinggi di ketiga ordo inang, diikuti oleh Astroviridae dan Picornaviridae. Mengenai distribusi inang, hewan pengerat menyumbang keanekaragaman virus terbesar, dengan menampung total 26 spesies virus, yang menunjukkan peran penting mereka sebagai reservoir keanekaragaman virus di wilayah tersebut.
2. Risiko Zoonosis
Penilaian risiko zoonosis mengidentifikasi tiga virus zoonosis yang sudah dikenal: virus ensefalomiokarditis, virus Lassa, dan spesies Rocahepevirus. Selain itu, tiga virus—virus Melian, virus hepatitis tikus, dan Hunnivirus A—diidentifikasi memiliki potensi risiko penularan dari hewan ke manusia.
Di antara 26 virus yang baru ditemukan, empat di antaranya diprediksi memiliki potensi zoonosis yang tinggi berdasarkan karakteristik filogenetik dan genomik. Yang menarik, Bat ledantevirus 2 menunjukkan hubungan filogenetik terdekat dengan virus Le Dantec yang diketahui menginfeksi manusia.
Investigasi serologis selanjutnya semakin mendukung temuan ini, karena antibodi penetralisir terhadap Bat ledantevirus 2 terdeteksi pada 2,8% serum dari penduduk setempat. Hasil ini menunjukkan bahwa infeksi yang tidak terdiagnosis atau tanpa gejala mungkin telah terjadi di dalam populasi manusia, menyoroti jalur penularan zoonosis potensial yang sebelumnya belum terdeteksi.
3. Dinamika Penularan Antar Spesies
Analisis penularan antar spesies menunjukkan bahwa hewan pengerat menempati posisi sentral dalam jaringan penyebaran virus, bertindak sebagai simpul kunci yang memfasilitasi pertukaran virus antar spesies inang. Sebanyak 15 virus diidentifikasi memiliki potensi penularan antar spesies.
Analisis lebih lanjut terhadap pola penularan antar ordo menunjukkan bahwa penularan virus lebih sering terjadi di antara inang dalam ordo taksonomi yang sama, menunjukkan bahwa kekerabatan antar inang memainkan peran penting dalam dinamika penularan. Sebaliknya, kelelawar menunjukkan kapasitas penularan antar ordo yang relatif lebih rendah.
Yang penting, bukti perluasan jangkauan inang diamati pada virus-virus tertentu. Misalnya, virus Melian, yang sebelumnya dianggap spesifik untuk tikus kesturi, juga terdeteksi pada hewan pengerat dalam penelitian ini, menunjukkan potensi pergeseran kemampuan adaptasi inang dan peningkatan risiko penularan yang lebih luas.
Kesimpulan dan Implikasi Kesehatan Masyarakat
- Keragaman virome yang tinggi pada mamalia kecil liar:Penemuan 39 virus RNA, termasuk 26 spesies baru, mengungkapkan reservoir virus yang besar di wilayah tersebut dan melaporkan untuk pertama kalinya virus-virus baru dengan potensi zoonosis yang tinggi (misalnya, Bat ledantevirus 2).
- Hewan pengerat sebagai target pengawasan prioritas:Hewan pengerat berperan sebagai pusat utama penularan virus dan membawa keanekaragaman virus tertinggi, sehingga menimbulkan risiko penularan dari hewan ke manusia yang paling besar.
- Kebutuhan akan strategi pengawasan terpadu:Temuan ini mendukung pengutamaan hewan pengerat dalam program pengawasan aktif dan penerapan pendekatan terpadu yang menggabungkan metagenomik, serologi, dan pemantauan ekologis di wilayah perbatasan manusia dan satwa liar.
Secara keseluruhan, studi ini memberikan bukti penting untuk mendukung sistem peringatan dini dan kerangka kerja penilaian risiko untuk penyakit zoonosis yang muncul, memperkuat pentingnya pengawasan proaktif di wilayah berisiko tinggi.
Informasi Produk
Waktu posting: 23 Maret 2026