Sebuah studi metagenomik baru-baru ini telah mengungkapkan spektrum virus dan bakteri yang sangat beragam yang dibawa oleh hewan pengerat di Provinsi Heilongjiang, termasuk virus Lassa, virus Amur, Salmonella, dan Yersinia pestis.
Penelitian ini memanfaatkanKit Pengayaan RNA Patogen dari Macro & Micro-Test, berdasarkan teknologi penangkapan probe. Dengan secara selektif mengurangi rRNA inang dan fragmen inang konservatif lainnya, metode ini secara efektif mempertahankan RNA mikroba, secara signifikan meningkatkan sensitivitas deteksi patogen. Langkah pengayaan RNA patogen ini sangat penting dalam mencapai tingkat deteksi yang tinggi dan memberikan dukungan teknis yang kuat untuk pengawasan patogen.
Hewan Pengerat: Sumber Utama Penyakit Zoonosis
Hewan pengerat adalah kelompok mamalia yang paling kaya spesies dan tersebar luas, terdiri dari lebih dari 2.000 spesies di seluruh dunia dan mencakup lebih dari 40% dari semua spesies mamalia.
Selain peran pentingnya secara ekologis, hewan pengerat juga berfungsi sebagai reservoir dan vektor utama dari berbagai patogen zoonosis.Karena habitat hewan pengerat sering kali tumpang tindih dengan lingkungan manusia—melalui gigitan langsung, kontak dengan kotoran, atau penularan tidak langsung melalui kutu dan tungau—patogen yang mereka bawa menimbulkan ancaman kesehatan masyarakat yang terus-menerus.
Perlu dicatat bahwa lebih dari 70% penyakit menular baru berasal dari satwa liar, dengan hewan pengerat sebagai salah satu reservoir virus yang paling signifikan.
Wilayah Perbatasan Heilongjiang: Garis Depan Pengawasan Patogen
Heilongjiang, sebuah provinsi perbatasan di timur laut Tiongkok, memiliki sumber daya ekologi yang melimpah dan berbatasan dengan banyak negara. Kombinasi keanekaragaman hayati yang kaya dan pergerakan penduduk lintas batas yang sering terjadi menciptakan kondisi yang menguntungkan bagi penularan patogen.
Antara bulan Juni dan Juli 2021, para peneliti mengumpulkan 67 hewan pengerat liar dari Kota Hengdaohezi, Kota Mudanjiang. Sampel tersebut meliputi:
l 20Apodemus peninsulae
l 47Myodes rufocanus
Semua spesimen ditangkap di daerah pemukiman dan lahan pertanian sekitarnya, yang menyoroti hubungan erat antara permukiman manusia dan habitat satwa liar.
Teknologi Pengayaan Patogen: Mengatasi Interferensi Latar Belakang Inang
Dalam pengurutan metagenomik, RNA inang biasanya mendominasi pembacaan urutan, menutupi sinyal patogen dengan kelimpahan rendah.
Untuk mengatasi tantangan ini, penelitian ini menggunakanKit Deteksi Metagenomik Patogen dari Macro & Micro-Test. Dengan menggunakan teknologi penangkapan probe, probe yang dirancang khusus mengikat rRNA inang dan sekuens yang terlestarikan, memungkinkan penipisan rRNA dan sekuens tersebut sehingga memperkaya RNA mikroba.
Pendekatan ini secara substansial meningkatkan sensitivitas deteksi patogen, memungkinkan pengurutan selanjutnya untuk memulihkan proporsi pembacaan patogen yang lebih tinggi. Langkah pengayaan meletakkan dasar yang kuat untuk secara akurat mengkarakterisasi spektrum patogen yang dibawa oleh hewan pengerat.
Setelah pengayaan, sampel RNA menjalani transkripsi balik, pembuatan pustaka, dan pengurutan berkecepatan tinggi. Analisis bioinformatika meliputi:
Penyaringan genom inang
Klasifikasi taksonomi menggunakan Kraken2
Koreksi kelimpahan dengan Bracken
Alur kerja ini menghasilkan profil komprehensif dari komunitas virus dan bakteri.
Temuan Penelitian: Ko-sirkulasi Beberapa Virus dan Bakteri
Temuan Virus
Virus yang terdeteksi termasuk dalam 21 famili virus, termasukArenaviridaeDanHantaviridae.
Melaluide novoDengan menggunakan Megahit untuk perakitan, dihasilkan 154 kontig virus, di mana 110 di antaranya selaras dengan 19 virus dari delapan famili.
In Apodemus peninsulaeVirus-virus berikut telah diidentifikasi:
l Arenavirus: virus Lassa, virus Wenzhou, virus Gairo
l Hantavirus: virus Amur, virus Puumala
In Myodes rufocanus, Arterivirus tikus dan virus Amur terdeteksi.
Di antara patogen-patogen ini:
Virus Lassa adalah penyebab demam berdarah virus, dengan angka kematian kasus mencapai sekitar 20%.
Virus Amur adalah salah satu patogen penyebab demam berdarah dengan sindrom ginjal (HFRS). Cina melaporkan beban infeksi hantavirus tertinggi di dunia.
Temuan Bakteri
Sebanyak 1.051 genus bakteri telah dianotasi.
Genus yang paling melimpah adalah:
lSalmonella(26–31%)
lYersinia(11–23%)
Salmonellamerupakan patogen bawaan makanan utama, yang bertanggung jawab atas sekitar 9 juta kasus demam tifoid dan sekitar 110.000 kematian setiap tahunnya di seluruh dunia.
Yersinia pestis, agen penyebab wabah pes, telah bertanggung jawab atas tiga pandemi bersejarah. Provinsi Heilongjiang diakui sebagai salah satu fokus alami wabah pes di Tiongkok dan tetap menjadi wilayah prioritas untuk pengawasan wabah pes.
Signifikansi Studi
Kontribusi Ilmiah
Studi ini merupakan laporan pertama mengenai fragmen virus Lassa dan virus arteritis tikus pada hewan pengerat dari Heilongjiang, yang memperluas basis data patogen yang ditularkan melalui hewan pengerat di Tiongkok.
Metode ini secara sistematis mengkarakterisasi komunitas virus dan bakteri pada populasi hewan pengerat lokal, menyediakan data dasar untuk pengawasan penyakit zoonosis di wilayah perbatasan.
Implikasi Kesehatan Masyarakat
Temuan ini menyoroti perlunya pengawasan berkelanjutan dan skrining patogen.A. peninsulaeDanM. rufocanus.
Data tersebut memberikan bukti ilmiah yang mendukung strategi pengendalian sumber penularan untuk penyakit seperti wabah dan demam berdarah dengan sindrom ginjal.
Kekuatan Metodologis
Pengurutan metagenomik memungkinkan deteksi patogen yang sudah dikenal maupun yang baru secara tidak bias.
Dalam studi ini, teknologi pengayaan patogen Macro & Micro-Test menunjukkan kinerja yang kuat, secara efektif meningkatkan deteksi patogen target dalam sampel biologis yang kompleks. Hasil ini menegaskan kemampuannya untuk mendukung identifikasi patogen dengan sensitivitas tinggi dalam pengawasan satwa liar.
Rekomendasi Produk
Berdasarkan keberhasilan penerapannya dalam penelitian ini, Macro & Micro-Test Pathogen RNA Enrichment Kit sangat direkomendasikan untuk penelitian pengawasan metagenomik.
Dengan secara efisien mengurangi asam nukleat inang dan memperkaya sekuens mikroba, kit ini secara signifikan meningkatkan sensitivitas deteksi dan kualitas data. Kit ini merupakan alat penting untuk penemuan patogen yang akurat dalam sampel kompleks dan memberikan dukungan teknis yang kuat untuk pengawasan kesehatan masyarakat, penilaian risiko zoonosis, dan kesiapan menghadapi wabah.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Waktu posting: 02-03-2026